La bandera del Territorio Británico del Océano Índico contiene la Union Jack en su cantón (cuarto superior del polipasto). Representa las aguas del Océano Índico, donde se encuentran las islas, como líneas onduladas de color blanco y azul. La bandera también presenta una palmera que se eleva sobre la corona de San Eduardo. Se entiende que la bandera, que fue otorgada por la reina Isabel II con motivo del 25 aniversario de BIOT en 1990, es la del comisario y tiene solo un estatus semioficial.
Dado que es imposible que los civiles visiten el Territorio Británico del Océano Índico, se desconoce en qué medida se utiliza esta bandera. Sin embargo, un video difundido por la Instalación de Apoyo Naval sobre Diego García muestra una escena en la que se ondea la bandera en tierra en el territorio. Los únicos asentamientos en las islas son las estructuras navales y aéreas angloamericanas.
De hecho, la bandera ondea en Diego García, junto con la bandera estadounidense. Ambos se bajan al final del día de trabajo.
La bandera fue diseñada para el Comisionado Británico del Territorio del Océano Índico. El Comisionado tiene su sede en la Oficina de Relaciones Exteriores, Commonwealth y Desarrollo en Londres.
